Con el objetivo de una mejor organización de los subsistemas de salud, el Ministerio de Salud Pública a través de la Séptima Región Sanitaria propuso asumir la administración y la dirección médica del Hospital Pediátrico Municipal de Encarnación. Esta situación se presenta ante la imposibilidad de honrar los compromisos económicos por parte de la comuna encarnacena.
La Municipalidad de Encarnación había solicitado un apoyo económico de 1.800.000.0000 de guaraníes para sostener el funcionamiento del pediátrico.
Dentro del proceso de cambio, el MSP busca garantizar los servicios en el área pediátrica, la incorporación de más profesionales médicos y de enfermería.
El Hospital Pediátrico, antes de la pandemia, cobraba aranceles y con esos ingresos solventaba algunos gastos, a pesar de recibir desembolsos por parte de la Dirección General de Descentralización, a través de los fondos de equidad. Desde que el centro pasó a formar parte del sistema único en Encarnación el servicio es gratuito.
A la fecha, la Municipalidad de Encarnación no acepta la propuesta del MSPyBS. Aunque la misma significa una notable mejora para el hospital, ya que representaría un aumento de profesionales de blanco, la garantía de la continuidad de los servicios gratuitos y la tranquilidad financiera de la institución, tanto a nivel administrativo como del personal.